ČSNM je členěna do pěti organizačních jednotek - sekcí, které vytvářejí prostor pro výměnu zkušeností v dané sféře zájmu. Členství v nich není omezeno profesní orientací pracovníků. Naopak je vítána aktivita ostatních profesí v nukleární medicíně s cílem prohlubovat interdisciplinární spolupráci.
Aktuální složení rad sekcí je spolu se složením ostatních stálých orgánů ČSNM ke stažení zde.